W latach 1985 – 2000 organizował doroczny Kurs Duchowości Ignacjańskiej (zainicjowany kilka lat wcześniej przez współbraci: Mieczysława Bednarza (1917-1993) i Norberta Kotyłę (1941-1984) oraz Bogusława Steczka (1945), który podejmował pogłębioną refleksję nad duchowością Ćwiczeń duchownych św. Ignacego Loyoli. Materiały z kursu były publikowane w serii „Duchowość Ignacjańska”. Obok pracy w domach rekolekcyjnych o. J. Augustyn prowadził rekolekcje i skupienia w parafiach, duszpasterstwach akademickich, seminariach duchowych diecezjalnych i zakonnych.

3.

Pod koniec lat osiemdziesiątych o. J. Augustyn zaczyna publikować artykuły i książki z zakresu duchowości oraz szeroko rozumianej pedagogiki chrześcijańskiej. W 1994 roku ukazała się książkaIntegracja seksualna: przewodnik w poznawaniu i kształtowaniu własnej seksualności(Wydawnictwo M, Kraków 1994), która była owocem wieloletnich spotkań katechetycznych i rekolekcyjnych z młodzieżą. Poszerzone i przepracowane wydanie książki pt. Wychowanie do integracji seksualnej, o. J. Augustyn przedstawił jako doktorat, który obronił w 1994 roku na Wydziale Teologicznym Akademii Teologii Katolickiej w Warszawie. W 1994 roku zostaje adiunktem najpierw na Wydziale Filozoficznym Towarzystwa Jezusowego w Krakowie, a od 1999 roku w Wyższej Szkole Filozoficzno ­ Pedagogicznej „Ignatianum” w Krakowie, gdzie prowadzi wykłady z zakresu pedagogiki i życia duchowego. W 2002 roku uzyskuje habilitacje na podstawie dorobku naukowego oraz pracyWychowanie do czystości i celibatu kapłańskiego. W 2003 roku Wielki Kanclerz Wyższej Szkoły Filozoficzno-Pedagogicznej „Ignatianum” w Krakowie, General Towarzystwa Jezusowego, Peter-Hans Kolvenbach, po udzieleniu nihil obstat przez Watykańską Kongregację ds. Wychowania Katolickiego, mianował Józefa Augustyna profesorem nadzwyczajnym „Ignatianum”.

4.

W okresie gorącej dyskusji w Polsce (1997-1999) nad wychowaniem do życia w rodzinie prowadzonym w ramach zajęć szkolnych o. J. Augustyn zostaje zaangażowany zarówno przez Komisję Episkopatu Polski ds. Wychowania Katolickiego, jak też Ministerstwo Edukacji Narodowej w prace przygotowujące program wychowania prorodzinnego dla szkół podstawowych oraz ponad podstawowych. Od 1996 roku, z upoważnienia Ministra Edukacji Narodowej i rekomendacji Komisji Katechetycznej Episkopatu Polski, jest rzeczoznawcą podręczników w zakresie wychowania do życia w rodzinie; a w latach 1997-2000 pełni funkcję recenzenta środków dydaktycznych Edukacji Zdrowotnej Ministerstwa Edukacji. W 2002 roku z rekomendacji „Ignatianum” zostaje mianowany recenzentem środków dydaktycznych innych niż podręczniki przy Ministerstwie Edukacji Narodowej i Sportu. Od 1998 do 2001 roku pełnił funkcję konsultora Komisji Episkopatu Polski ds. Wychowania Katolickiego. W roku 1998 był członkiem Zespołu Opiniodawczo-Doradczego do spraw wprowadzenia przedmiotu wychowanie do życia w rodzinie do Nauczania Szkolnego Ministerstwa Edukacji Narodowej, który przygotowywał program Wychowania Prorodzinnego.

5.

O. J. Augustyn prowadził zlecone wykłady na podyplomowych studiach wychowania rodzinnego w kilku wyższych uczelniach (w Akademii Wychowania Fizycznego w Katowicach; w Akademii Wychowania Fizycznego w Warszawie, w Instytucie Rodziny ATK w Warszawie; na Międzywydziałowym Studium Podyplomowym przy KUL­u; w Centrum Metodycznym Pomocy Psychologiczno ­ Pedagogicznej Ministerstwa Edukacji Narodowej). Jest współautorem podręczników dla szkół średnich: Przygotowanie do życia w małżeństwie i w rodzinie (pod redakcją ks. bp. Edwarda Materskiego, Wydawnictwo Diecezjalne, Sandomierz 1997) oraz Wędrując ku dorosłości. Wychowanie do życia w rodzinie dla uczniów szkół ponadgimnazjalnych (pod redakcją Teresy Król, Wydawnictwo Rubikon, Kraków 2002). Dwie książki o. J. Augustyna: Integracja seksualna oraz Wychowanie seksualne w rodzinie i szkole zostały włączone na listę książek dla nauczycieli polecanych przez Ministerstwo Edukacji Narodowej (1999).

6.

Ważnym polem działalności o. J. Augustyna jest bezpośrednia praca duszpasterska oraz formacja seminaryjna: diecezjalna i zakonna; udziela rekolekcji dla księży, alumnów i osób konsekrowanych zarówno w kraju jak też za granicą dla poloni. Wraz z grupą księży zaangażowanych w formację (między innymi ks. Tadeuszem Hukiem oraz ks. Mirosławem Cholewą) był inicjatorem i prowadzącym wykłady Szkoły Formacji Ojców Duchownych Seminariów Diecezjalnych i Zakonnych (1996-1997) oraz Szkoły Formacji Formatorów Diecezjalnych i Zakonnych (1998-1999) działających pod Patronatem Komisji Episkopatu Polski ds. Duchowieństwa. Od 1999 roku jest członkiem Rady Programowej Szkoły Wychowawców Seminariów duchownych Diecezjalnych i Zakonnych, która działa przy Centrum Formacji Duchowej Księży Salwatorianów w Krakowie.

Wraz ze współbraćmi jezuickiego Centrum Duchowości w Częstochowie inicjował (1996) i prowadził dziesięciodniową formację dla kapłanów i alumnów, która od tego czasu organizowana jest co roku w okresie wakacyjnym. W latach 1995-1997 inspirował i prowadził wakacyjne rekolekcje ignacjańskie dla alumnów w Centrum Animacji Misyjnej w Konstancinie-Jeziornej. (Od 1998 roku prowadzone one są w Archidiecezjalnym Domu Rekolekcyjnym w Jarosławiu.)

7.

Józef Augustyn opublikował około czterdziestu książek oraz ponad dwustu artykułów. Najważniejsze tematy podejmowane w jego pracach to: szkoła modlitwy, wprowadzenie w życie sakramentalne, rozeznanie duchowe, wychowanie do życia w rodzinie, problematyka młodzieży, wychowanie do celibatu. Wiele miejsca w pracach poświęca refleksji nad integracją osobową, rolą ludzkiej emocjonalności oraz problematyce kierownictwa duchowego. A oto najważniejsze publikacje książkowe o. Augustyna: Ojciec wzruszył się głęboko; Rabbi, gdzie mieszkasz; Kwadrans szczerości;Jak szukać i znajdować wolę Bożą; Sakrament pojednania; Życie a Eucharystia; Sakrament małżeństwa; Podnosząc wzrok z nad ziemi; Ojcostwo. Aspekty pedagogiczne i duchowe; Praktyka kierownictwa duchowego; Celibat. Aspekty pedagogiczne i duchowe; Rozmowy o ludzkich sprawach; Swiat ludzkich uczuć; Rady ewangeliczne; Przewodnik po przyjaźni; Przewodnik po ojcostwie; czteroczęściowy poradnik: O życiu duchowym i o modlitwie; O miłości, małżeństwie i o rodzinie; O krzywdzie, przebaczeniu i o spowiedzi; O uczuciach i innych trudnych sprawach; Myśli na cały rok; sześciotomowy zbiór rozważań opartych na Ćwiczeniach duchownych: Ojcze nasz; Adamie, gdzie jesteś?; Daj mi pić; W Jego ranach; Widzieliśmy Pana; Kazanie na górze. Rozważania oparte na czterech tygodniach Ćwiczeń duchownych św. Ignacego Loyoli oraz kilkanaście sesji i skupień rekolekcyjnych ukazało się także w wersji fonograficznej w Studio Inigo w Krakowie. O. J. Augustyn publikował m. i. w „Tygodniku Powszechnym”, „Znaku”, „Więzi”, „Homo Dei”, „Pastores”, „Życiu Duchowym”, „Niedzieli”, „Gościu Niedzielnym”, „Posłańcu Serca Jezusowego”, „Liście”, „Zeszytach Odnowy w Duchu Świętym”. Pod jego redakcją ukazało się także kilkanaście prac zbiorowych z zakresu duchowości.

8.

Ponad dwadzieścia pozycji książkowych zostało przetłumaczonych na języki słowiańskie: rosyjski, ukraiński, czeski i słowacki. O. J. Augustyn był jednym z inicjatorów powstania jezuickiego kwartalnika „Życie Duchowe” (1994) oraz kwartalnika poświęconego formacji kapłańskiej i zakonnej „Pastores”, działającego pod patronatem Komisji Episkopatu Polski ds. Duchowieństwa (1998); w latach 1998-2001 był redaktorem naczelnym „Pastores”, w latach 1994-1998 reaktorem „Życia Duchowego”; a od roku 2001 jest redaktorem naczelnym „Zycia Duchowego”.

Nagrody. Za działalność na polu rekolekcji ignacjańskich w 1991 roku miesięcznik „Powściągliwość i Praca” przyznał mu honorową nagrodę „Bóg zapłać”; w 2005 roku na XI Targach Wydawców Katolickich w Warszawie otrzymał nagrodą „Małego Feniksa 2005” za promowanie w mediach książki katolickiej; a w 2014 roku Wydawnictwo Homo Dei w Krakowie przyznało o. Augustynowi nagrodę Pro Redemptione za propagowanie troski o formację kapłańską.